Die große Orgel der Thomaskirche wurde 1964 geweiht und ist mit rund 2200 Pfeifen in 30 Registern auf 3 Manualen und Pedal die größte Orgel im Kirchenkreis. Sie wurde von der Firma Steinmann aus Vlotho um eine Außenecke herum rein mechanisch gebaut. Sie ist in sogenannter neobarocker Disposition gehalten, d.h. sie lehnt sich klanglich an den Orgelstil des 18. Jahrhunderts an. 1992 wurden kleinere Veränderungen vorgenommen, seit 2004 ist sie im Sinne des 18. Jahrhunderts gestimmt, nach Johann Georg Neidhardts „Stimmung für eine große Stadt“ von 1729. Im Prospekt der Orgel sieht man rechts Pfeifen des großen Hauptwerks, links oben das Oberwerk und links unten hinter den Glas-Schwelltüren das Brustwerk. Das Pedalwerk befindet sich auf zwei Etagen (Großpedal und Kleinpedal) im hinteren Bereich und ist nicht sichtbar. Die größte Pfeife dieses Werkes ist gut 5m lang.

Die Schwelltüren des Brustwerks können mittels eines Registerzuges links bedient werden. Manualumfang C-g³, Pedal C-f¹

Eine Truhenorgel im Besitz des Kirchenkreises hat ihren ständigen Standort in der Thomaskirche. Sie wurde 1998 von Braun aus Porta Westfalica gebaut. Sie ist ausschließlich mit Holzpfeifen ausgestattet und erfreut durch den edlen Klang ihrer 3 ½ Register. Als Besonderheit besitzt das Instrument eine Transponierverschiebung, die es erlaubt, die Stimmtonhöhe an ein Barockorchester anzupassen. Deshalb und wegen ihrer Klangschönheit ist die Orgel häufig als Leihinstrument unterwegs. Für einen Transport kann sie in zwei Teile zerlegt werden.